En 1986, se inicia otro importante programa de cooperación holandés, determinado Programa de Apoyo a la Formación de Economistas a Nivel de Licenciatura, el cual se implementa en dos fases, la primera que inicio en julio de 1986 y finalizó en junio de 1990 y la segunda que va de mayo de 1991 a abril de 1995.
Este programa de cooperación dio como resultados la revisión y reestructuración del Plan de Estudios en 2004, una mayor precisión del perfil de entrada y salida de la carrera compra e instalación de un laboratorio de cómputo, una mayor dotación de bibliografía especializada, incremento y mejoramiento de las publicaciones de la Escuela, entre otras. Así para comienzos del nuevo milenio la ESEUNA recolecto los frutos de su alianza holandesa, mejorando con ello el que hacer académico tanto en las aulas como fuera de ellas.
Actualmente la escuela atraviesa por un cambio generacional, apostando por la contratación de nuevos docentes que estarán a cargo del futuro de la ESEUNA, el reto consiste en contratar académicos que se formaron en nuestras aulas compartiendo la visión y misión que caracterizan a nuestra escuela de enseñanza, al tiempo que los mismos académicos refuerzan su formación saliendo del país para obtener sus doctorados en programas extranjeros de alto nivel y acorde con las áreas disciplinares. Paralelo a este proceso la Administración 2018-2023 asume el compromiso de acreditarse ante el Sistema Nacional de Educación Superior (SINAES) durante los primeros años de gestión, así como la restructuración del plan de estudios para brindarle a las nuevas generaciones de economistas una formación actualizada y comprometida con la calidad, sociedad, economía y ambiente; economistas para el desarrollo de nuestra nación y planeta en general.